El padre de Neji, Hizashi Hyuga, fue el hermano gemelo de Hiashi Hyuga, pero fue este quien nació primero, solo por unos cuantos segundos.Debido a esto, Hizashi fue puesto en la rama secundaria del Clan Hyūga, por lo que, años más tarde, Neji nacería también bajo esa rama.

Recorrido en la Serie

Tiempo después, se vería a Neji comentando con sus compañeros (Rock Lee y Tenten) que los "novatos" (entre ellos Naruto, Sasuke y los demás) iban a entrar en el examen de ascenso a chunin. Inmediatamente nota su interés por Sasuke, teniendo antes del primer examen una confrontación verbal con él.

En dichos combates, fue emparejado para luchar contra su prima Hinata, lo que haría salir a flote el odio y el resentimiento acumulados en todos esos años. Antes del combate, intentaría persuadirla para que se rindiese sin pelear por medio de su Byakugan y su creencia en el Fatalismo y luego, tras un combate en donde fue patente su superioridad, intento asesinarla, contrariado por la determinación de ella a no rendirse y por haber puesto en evidencia que era él quien más sufría por el asunto de las casas principales y secundarias. Sin embargo, antes de dar el golpe definitivo, sería detenido por los jounin Hayate Gekko, Kakashi Hatake, Kurenai Yuuhi y Maito Gai. Gai, en ese momento, le recriminaría el intentar romper su promesa de no involucrar asuntos familiares durante el examen. A su vez, Naruto, al ver el terrible estado en el que había quedado Hinata tras el combate y al ser insultado por Neji por haberla apoyado, juro vengar su derrota.
 

En el examen final, Neji sería emparejado en el primer enfrentamiento del torneo para luchar contra Naruto, siendo el gran favorito para ganar la pelea, favoritismo que reafirmaría en gran parte del combate en donde sus técnicas habían dejado a su oponente lesionado e inhábil para elaborar técnicas ninja. En ese punto de la lucha, Neji veía corroborada su creencia sobre la inmutabilidad del destino de las personas diciéndole a Naruto que, si tanto creía en lo contrario, lo demostrara derrotándole. Así, Naruto, con ayuda del chakra del Kyubi y gracias a una estratagema en donde uso su Kage Bushin no Jutsu como señuelo, le da un giro inesperado a la situación y consigue vencer a Neji.

Neji, viéndose derrotado y en un último intento por restablecer su ya resquebrajada fé en el fatalismo, excusa la derrota en su propio descuido y en el hecho de que Naruto debió usar su mejor técnica para vencerle, a lo que Naruto le recuerda que dicha técnica solo es una versión avanzada de la Bushin no Jutsu, la técnica que él, le cuenta, peor manejaba y que, por ende, más odiaba al ser ella la responsable de hacerlo reprobar por tres veces consecutivas en el examen final de graduación de la Academia Ninja. De esta manera, Naruto le enseñaba al genio del Clan Hyuga la importancia de luchar para cambiar su propio destino y, al final, reconocía que, a diferencia de él, Neji no era un perdedor. Dicha importancia se vería ratificada al enterarse, momentos después y por medio de su tío Hiashi, (quien, además, se arrodilló ante él y juro la veracidad de su relato) que, en el incidente en el que murió su padre, este se ofreció voluntariamente a dar su vida, no para proteger a la rama principal, sino para salvar a su hermano, familia y aldea de la guerra; viendo, de este modo, una manera de escapar al destino predeterminado que tenía como miembro de la rama secundaria del clan. Tras esta revelación y aceptando ese nuevo punto de vista sobre la vida que se le ofrecía, Neji juraría que nunca más caería derrotado por nadie y que entrenaría para llevar a cabo ese sueño.

Más adelante participó en la célula ninja que fue enviada en persecución de Sasuke Uchiha, donde tuvo que luchar contra Kidomaru, uno de los Cuatro del Sonido. En este combate, su rival, por medio de sus técnicas arácnidas y su análisis, descubrió el punto ciego del Byakugan y lanzo varios ataques que dejaron al borde de la muerte al genio de los Hyuga. Viendo, en ese momento, su superioridad técnica y estratégica, Kidomaru afirmaría que el shinobi de la Hoja nunca lograría derrotarle, lo que haría que Neji viera reflejado, en su oponente, a su antiguo yo fatalista y se aferrara a las enseñanzas que había dado su pelea contra Naruto como su última esperanza para alzarse con la victoria. Al final, aprovechando la red arácnida de su oponente, Neji arriesgaría su vida para lanzarle un ataque Jyuuken (Golpe Suave) de larga distancia, dejando al enemigo seriamente herido e inmovilizado, y, luego, lo remató con un nuevo ataque Jyuuken en el cuerpo del oponente, logrando, así, la victoria.

Tras regresar a la aldea y recuperarse de sus heridas, comenzaría a ser entrenado por su tío Hiashi, quien, así, rompía el esquema de separación de técnicas ninja entre las casas del clan, a manera de expiación por el trágico pasado familiar de Neji.

Durante los tres años subsiguientes hasta el regreso de Naruto a la aldea, Neji ha alcanzado el rango de Jonin y ha adoptado la vestimenta típica del Clan Hyuga. Participaría en la misión del rescate de Gaara como parte del Equipo de Gai, quien reforzaría al Equipo de Kakashi en su lucha contra Deidara y Sasori de Akatsuki.

En el manga  aparece regresando de una misión diciendo que sera mejor regresar pronto a la villa por que Gai-sensei se dio cuenta de que unas aves que salian de Konoha, que esta siendo invadida por Pain y Konan. Apareció en el manga  viendo, gracias al Byakugan, a Gamabunta derrotado, y siendo esto la señal para el equipo de Gai, que algo malo esta sucediendo en Konoha.

Al llegar a Konoha encuentran la aldea destruida, lo cual preocupa mucho al equipo de Gai. Neji encuentra a Hinata entre los escombros y se preocupa por ella; aunque Tenten le dice que su estado no es critico pero hay que darle atencion medica lo antes posible.

• Byakugan: Línea hereditaria del Clan Hyuga, pues todos sus miembros nacen con él. Es una habilidad ocular (Dojutsu) que es parecido al Sharingan, el cual, se dice, es su evolución. Su aspecto es que, mientras está desactivado, muestra unos ojos blancos, ni siquiera cristalinos. Al activarse, parece como si las blancas pupilas se agrietasen, a la vez que se marcan todas las venas de las templas y de alrededor de los ojos. Con tal dōjutsu, es capaz de ver a través de Genjutsu sin mayores problemas y otorga una esfera completa de visión (aunque a Neji aun le falta un pequeño cono sobre la primera vértebra de sus cervicales, pero no se sabe si es excepcional o común entre los miembros del clan), capacidad telescópica y de ver a través de las cosas. A la vez, permite ver con sumo detalle el sistema circulatorio de chakra de los demás (permitiendo el uso de Juuken) y, en algunos casos, ver los tenketsus, los 361 puntos de chakra del cuerpo, con suficiente claridad como para golpearlos Neji, en concreto, empezó con un radio de visión de 50 metros, pero fue capaz de mejorarlo a 800 metros. Aunque no puede copiar técnicas, puede ver cosas que el Sharingan no puede, y ver otras con mucho más detalle durante el combate que éste.
• Jyūuken: Técnica de taijutsu usada por el clan Hyūga en base al Byakugan, que se basa en atacar los flujos de chakra del oponente y dañar sus órganos internos mediante la inserción del chakra del usuario, proyectado por sus palmas, en el sistema circulatorio de chakra del rival, y hacer que una vez dentro, resulte nocivo para sus órganos internos. Es el estilo de taijutsu más poderoso de la Aldea Oculta de la Hoja, pues un sólo roce puede resultar letal.
• Hakke Kusho: Proyecta un haz de chakra desde su mano hacia un oponente alejado,y de ése modo envía una onda de Chakra y viento mezclados completamente invisible que golpea al enemigo a media-larga distancia y le rechaza con fuerza, enviándole muy lejos de Neji.
• Hakkeshō Kaiten: Considerada una de las técnicas de sucesión de la rama principal del clan Hyūga (aunque Neji lo consiguió a base de entrenamiento y por mero ejercicio de lógica), es un movimiento de defensa absoluta. Esta técnica requiere de un excelso control del chakra que todos sus miembros tienen y de la habilidad de proyectarlo por todos los puntos de chakra del cuerpo simultáneamente. En base a esto, y a la habilidad de visión total del Byakugan, una vez detectado el ataque, el usuario hace salir grandes cantidades de chakra por todos los mencionados puntos de su cuerpo a la vez que gira sobre sí mismo. Al hacerlo, cualquier ataque físico sale rebotado contra la semiesfera rotatoria de chakra que se genera.
  
• Hakke Rokujyuu Yonshou: Técnica maestra de la rama principal del clan, y que la mayoría son incapaces de usar debido a la forma física y la coordinación que requiere tener pero, sobre todo, a que el Byakugan debe tener un nivel de detalle tal que solo privilegiados como Neji tienen desde su nacimiento, ya que son capaces de ver los puntos de chakra con suficiente claridad como para golpearlos en plena batalla. En base a esto, esta técnica consiste en atacar los mencionados puntos de forma sucesiva y continuada, empezan do por dos y creciendo en poten cias de dos hasta los 64 puntos, acabando con un impacto de Jyūuken. El efecto sobre el oponente es que este no pueda generar ni llevar chakra a través de su cuerpo al "bloquear" todas las vías importantes del sistema circulatorio de este elemento.
• Hakke Hyaku Nijyu Hachou: Versión avanzada de la técnica anterior, usada para tener un mayor rango de alcance y un ataque aún más devastador. Usada en la batalla contra Kidomaru.
• Hakke Hasangeki (Destructor de Montañas de Ocho Trigramas): Neji golpea al enemigo en el pecho con la palma de su mano y libera una intensa onda de Chakra blanco que causa un enorme daño al enemigo y le manda volando por los aires. Esta técnica tiene la potencia suficiente como para reducir a polvo una roca.
• Zessho: Hachimon Hogeki (Último Recurso: Bombardeo de las Ocho Puertas): esta técnica es una de las más poderosas que tiene Neji en su arsenal. Consiste en saltar frente al enemigo y lanzarle ocho fuertes golpes dirigidos a las Ocho Puertas de Chakra del Sistema de Chakra del organismo humano, cerrándolas y causando un fuerte trauma interno al enemigo
• Harichakra (Manos Cortantes de Chakra): esta técnica, una variante del Juken, permite a Neji imbuir sus manos con Chakra, y de ese modo puede cortar estructuras formadas con Chakra, como los hilos de telaraña llenos de Chakra de Kidomaru. También puede emitir dicho Chakra directamente por todo el cuerpo, en caso de no tener las manos libres.

Habilidades

Desde que era muy joven, Neji ha sido descrito como un completo y absoluto genio. Su padre llegó a decir que sus habilidades y potencial superaban de lejos a los de cualquier otro miembro del clan, y su tío dijo que de todos los miembros del clan Hyuga, él había recibido la línea de sangre más fuerte dentro del clan. Neji, a la hora de combatir, es un especialista en el uso del Taijutsu (técnicas de combate cuerpo a cuerpo). En batalla Neji ha mostrado ser extremadamente ágil y veloz, capaz de evitar los ataques del enemigo y de golpearle al mismo tiempo sin un solo mal movimiento. Sus movimientos son fluidos y ágiles, atacando al enemigo con una lluvia de veloces golpes sin darle apenas tiempo a reaccionar. En concreto, Neji emplea para luchar el estilo de Taijutsu clásico del clan Hyuga, el Jūken o Puño Suave, que le permite dañar el sistema de Chakra del enemigo y los órganos internos de éste con apenas un roce de sus manos. También tiene la capacidad de provocar un paro cardíaco al enemigo al liberar una gran cantidad de Chakra contra su corazón. Aunque Neji, al ser de la rama secundaria del clan, tenía prohibido aprender las técnicas especiales del clan, simplemente con pura inteligencia y deducción fue capaz de desarrollarlas.

Misiones Completas

• Rango D: 26
• Rango C: 19
• Rango B: 4
• Rango A: 11
• Rango S: 2